Les équipes de recherche
Notre institut regroupe 18 équipes de recherche, au sein de 11 unités
Virus de l'hépatite et pathobiologie des maladies du foie (F. Zoulim)
Cette équipe a pour objectif de comprendre la physiopathologie des pathologies hépatiques viro-induites impliquées dans la progression vers la cirrhose et le carcinome hépatocellulaire. Par le biais de la science fondamentale et de la recherche translationnelle, nous cherchons à : i) déchiffrer les mécanismes moléculaires de la chromatinisation et de la persistance de l'ADNcc du VHB ; ii) identifier de nouvelles cibles pour guérir l'infection par le VHB/VHD ; iii) caractériser de nouveaux biomarqueurs non invasifs du réservoir hépatique du virus pour contrôler les nouvelles thérapies ; iv) comprendre les perturbations métaboliques et le stress oxydatif induits par le VHB, le VHD et le VHC et leur rôle potentiel dans le développement du CHC, v) élucider le rôle de l'interaction entre l'inflammation, le stress oxydatif, l'apoptose et la transformation cellulaire dans toutes les étiologies de maladies hépatiques.
Epigénétique, microenvironnement et cancer du foie
Les intérêts de recherche de cette équipe se concentrent sur les déterminants virologiques, métaboliques et immunologiques de la progression des maladies chroniques du foie et du développement du carcinome hépatocellulaire (CHC) en utilisant à la fois la recherche fondamentale et les approches translationnelles. Les points forts comprennent : i) la caractérisation des changements épigénétiques dans les CHC liés ou non à un virus et le potentiel des histones méthyltransférases en tant que moteurs épi/cibles thérapeutiques du CHC ; ii) les approches multiomiques de la caractérisation de l'inflammation du foie dans la NAFLD ; iii) les dosages de l'ARN du VHB circulant pour évaluer les traitements curatifs de l'hépatite B et D ; les miARN circulants en tant que biomarqueurs innovants pour prédire la survie dans la cirrhose décompensée, le risque de CHC, et la progression de la NASH.
Apoptose, cancer et développement
L'équipe étudie le concept de récepteurs à dépendance et plus spécifiquement le rôle physiologique et pathologique du couple nétrine-1 et de ses récepteurs à dépendance DCC/UNC5. Dans cette optique, l'équipe a démontré que la nétrine-1, signal de développement, est régulée à la hausse dans la grande majorité des cancers humains, y compris le carcinome hépatocellulaire (CHC). Avec sa filiale NETRIS Pharma, elle a produit un anticorps monoclonal bloquant la nétrine-1 qui est actuellement testé dans plusieurs essais de phase II, y compris chez des patients atteints de CHC. L'essai LAP-NET évaluant le NP137 en combinaison avec l'Atezo-Bev chez des patients atteints de CHC recrutera les premiers patients au quatrième trimestre 2022.
Ribosome, traduction et cancer
Quarante ans après la démonstration que les ribosomes étaient les effecteurs de la traduction, de nouvelles preuves suggèrent que nous entrons dans une nouvelle ère ribosomale passionnante dans laquelle le rôle "passif" des ribosomes dans la régulation de l'expression des gènes est remis en question. L'équipe de JJ Diaz a réalisé des études novatrices reconnues dans le "domaine des ribosomes", démontrant que les ARN ribosomiques (ARNr) sont les principaux acteurs de la spécialisation des ribosomes. L'équipe a élucidé la plasticité des ARNr et démontré que cette plasticité confère une spécificité fonctionnelle aux ribosomes humains. Il est intéressant de noter qu'au cours de l'initiation et de la progression des tumeurs, la plasticité des ribosomes régule les activités translationnelles intrinsèques qui favorisent la traduction de plusieurs gènes jouant un rôle clé dans le développement du cancer et dans la résistance aux traitements anticancéreux. Des projets en cours portent sur sa pertinence pour le carcinome hépatocellulaire.
Sénescence cellulaire, cancer et vieillissement
La sénescence cellulaire est impliquée dans de nombreuses maladies, notamment les maladies du foie (NAFLD, CHC), liées au vieillissement, aux infections virales ou au mode de vie (obésité, alcool, tabagisme). Elle peut également avoir un impact sur la survie des allogreffes. L'équipe "sénescence cellulaire, cancer et vieillissement" s'intéresse à mieux comprendre les mécanismes de régulation de la sénescence cellulaire, depuis l'arrêt du cycle cellulaire jusqu'à la composition de son sécrétome, qui ont un fort impact sur les (dys)fonctions tissulaires. L'objectif est d'identifier des cibles pour développer des sérothérapies (sénomorphie et sénolyse) afin de prévenir/améliorer les maladies liées à l'âge, y compris les maladies du foie.
Interaction entre VHB, VHD et facteurs de l'hôte
Les objectifs de l’équipe sont d'acquérir des connaissances originales et pertinentes sur les interactions entre les virus HBV/HDV et les facteurs de l'hôte dans les cellules du foie (i.e.., hépatocytes, cellules immunitaires innées résidentes du foie) afin de mieux (1) comprendre les premières étapes menant à l'établissement et à la persistance du virus, (2) caractériser les mécanismes viro-induits de la pathogenèse hépatique en utilisant des modèles animaux pertinents et nouvellement développés, (3) identifier de nouvelles cibles/biomarqueurs pour le développement de nouveaux agents antiviraux ciblant l'hôte (HTA), qui pourraient également être intéressants pour prévenir la progression de la pathogenèse et l'apparition/progression du carcinome hépatocellulaire.
Infection virale, métabolisme et immunité
Le lien entre métabolisme et immunité a été récemment découvert grâce aux approches " omiques " et transdisciplinaires à l'origine du concept d'immunométabolisme. Cette équipe est engagée dans l'étude des voies métaboliques impliquées dans le contrôle de l'immunité innée antivirale et de la réplication virale avec un focus sur les virus respiratoires (Influenza, Nipah, rougeole) et hépatotropes (HCV, HBV, HDV). Au-delà de la production de connaissances de base, notre objectif est de développer des thérapies antivirales innovantes ciblant les voies cellulaires plutôt que le virus lui-même. En combinant des approches interactomiques, métabolomiques, transcriptomiques et chimio-biologiques, l'équipe a identifié plusieurs voies métaboliques et molécules candidates pour traiter les infections virales chroniques (VHB, VHD) et aiguës (grippe).
Cellules B normales et pathogéniques
Cette équipe possède une expertise reconnue dans les mécanismes moléculaires fondamentaux impliqués dans la réponse des cellules B/anticorps dans des contextes physiologiques et pathologiques, plus particulièrement dans la transplantation d'organes. Dans le cadre du projet IHU EVEREST, nous utiliserons une approche translationnelle combinant des modèles expérimentaux et des analyses approfondies d'échantillons humains pour i) déchiffrer l'impact des lésions d'ischémie/reperfusion sur les réponses immunitaires du receveur contre l'allogreffe de foie, et ii) comprendre l'immunopathologie du rejet médié par les anticorps des allogreffes de foie.
Interactions mitochondrie-RE et signalisation dans les maladies métaboliques
L'équipe MERISM est une équipe de recherche biomédicale composée de fondamentalistes (6 chercheurs et 2 professeurs assistants) et de cliniciens (4 PU-PH et 2 PH) dans le domaine de la biologie cellulaire et des maladies métaboliques hépatiques. L'objectif général de l'équipe MERISM est de mieux caractériser les rôles fonctionnels des sites de contact entre le réticulum endoplasmique et les mitochondries (appelés membranes associées aux mitochondries, MAMs) dans le contrôle de l'homéostasie du glucose et des lipides et d'identifier de nouveaux acteurs ou régulateurs des MAMs qui pourraient représenter de nouvelles cibles pour améliorer les maladies métaboliques, en particulier le diabète de type 2, les NAFLDs et/ou les dyslipidémies.
Alimentation et matrice alimentaire dans l'obésité
L'équipe DO-IT explore les mécanismes liés à l'interaction entre le régime alimentaire et le microbiote intestinal afin d'identifier de nouveaux biomarqueurs et des stratégies nutritionnelles et/ou thérapeutiques pour prévenir ou traiter les maladies métaboliques. Plusieurs membres de l'équipe CarMeN DO-IT ayant des expertises complémentaires pour atteindre les objectifs seront impliqués dans EVEREST : en lipidomique le Dr David Cheillan (PH expert en sphingolipidomique, responsable de la plateforme SL), le Dr Karim Chikh (MCU PH expert en analyse des acides biliaires et métabolomique), et Julie-Anne Nazare (MCU CarMeN, responsable de notre Centre de Recherche en Nutrition Humaine), notamment via la plateforme commune METANUTRIBIOTA.
Nutrition, Diabète et Cerveau
Le laboratoire "Nutrition, Diabète et Cerveau" est organisé comme une équipe unique avec deux projets coordonnés (Glycogen Storage Disease Type I/diabète), réunissant 3 chercheurs à temps plein avec des postes permanents (G. Mithieux, A. Gautier Stein, F. Rajas) pour un total d'environ 15-20 personnes. Les autres postes permanents sont occupés par 2 assistants ingénieurs de l'Inserm. Cette composition est actuellement complétée par des personnes ayant des postes non permanents comprenant, un post-doctorant, 4 doctorants et plusieurs assistants ingénieurs, dont le nombre peut varier en fonction des sources de financement. Notre mode de fonctionnement est centralisé, notamment la gestion des lignées de souris par une personne dédiée pour l'ensemble du laboratoire.
Physiopathologie de l'immunodépression & réponses inflammatoires systémiques
Grâce à une approche de recherche translationnelle, l'équipe PI3 étudie les mécanismes physiopathologiques soutenant le développement d'une immunosuppression marquée après diverses blessures (sepsis, traumatismes, brûlures et chirurgie). L'un des objectifs est de développer des outils biologiques innovants pour le suivi de l'état immunitaire des patients. Les patients cirrhotiques sévères présenteraient des altérations immunitaires similaires à celles observées dans la septicémie. Dans l'IHU notre expertise de surveillance de l'immunosuppression acquise est appliquée au foie, chez les patients avant et après transplantation.
Analyse biologique par Spectrométrie de Masse
L'équipe AnabioMS possède une expertise reconnue dans le développement de méthodologies analytiques innovantes en multi-omique pour la recherche de biomarqueurs (RHU, ANR JCJC), des activités de recherche amont sur les développements méthodologiques instrumentaux et MS pour l'analyse structurale et quantitative des biomolécules, l'imagerie MALDI avec mobilité ionique appliquée à des organismes modèles, et une expertise sur la science et la gestion des données. Les membres d'AnabioMS ont été impliqués en tant que coordinateurs ou partenaires dans plusieurs projets nationaux (ANR JCJC, ANR PRC, RHU IdBIORIV) et régionaux (ICL, CPER, IDEX Lyon-St Etienne). L'ISA apportera son expertise à EVEREST pour la mise en place de technologies spatiales multiomiques pour la recherche translationnelle en hépatologie.
Ingénierie enzymatique, membranes biomimétiques et assemblages supramoléculaires
La plateforme UCBL-3dFAB rassemble une large gamme de technologies d'impression 3D et de bio-impression dans le domaine de la santé. Ses technologies d'impression 3D spécifiques et l'expertise associée (biologie cellulaire/rhéologie/formulation de bioink/culture de tissus/bioprocédés) sont mises à la disposition de partenaires académiques ou industriels. Les activités de recherche de 3d.FAB sur les technologies d'impression 3D et leurs applications en santé ont apporté à l'équipe un solide savoir-faire en formulations de biomatériaux pour atteindre une rhéologie désirée permettant une viabilité cellulaire et des caractéristiques phénotypiques élevées lors de l'impression par micro-extrusion ou par jet d'encre. L'équipe est internationalement reconnue pour ses avancées en bio-impression tissulaire (e.g. bio-impression de la peau dans la zone per-opératoire pour les brûlures et pour ses tissus conjonctifs macro-poreux et vascularisés à l'échelle du dm3). L'équipe a entamé des recherches sur l'impression 3D d'hépatocytes et d'autres cellules du foie, et contribuera donc activement à EVEREST pour générer de nouveaux modèles de culture cellulaire 3D pour le foie.
Biostatistiques en santé
Le Groupe Biostatistique Santé du département Statistiques et Modélisation pour les Sciences de la Santé (P Roy du LBBE), et le Service de Biostatistique-Bioinformatique (D Maucort-Boulch) des Hospices Civils de Lyon travaillent ensemble pour développer des modèles et des algorithmes pour la modélisation statistique diagnostique, pronostique et théranostique en recherche clinique, pour les études épidémiologiques, et pour les investigations bioinformatiques des omiques et des multi-omiques. Le LBBE développe cinq axes de recherche principaux : 1) étude de l'incidence, de la mortalité et de la survie, 2) modélisation des trajectoires des patients, 3) méthodes d'inférence dans la prise de décision médicale, 4) médecine de précision : Identification des biomarqueurs et bioinformatique, 5) Méthodes statistiques pour les essais cliniques. L'équipe sera activement impliquée pour les études multi-omiques et de biomarqueurs, la conception d'études cliniques et l'analyse des résultats, pour l'approche basée sur l'IA vers la médecine de précision en hépatologie.
Unité de Psychologie Sociale
L'équipe de psychologie sociale de la santé travaille sur la prévention et le suivi des patients afin d'expliquer, de prédire et de modifier les connaissances, les croyances et les comportements en matière de santé. Avec une approche participative ou communautaire et dans une perspective multidisciplinaire, l'équipe conçoit des études transversales, interventionnelles ou longitudinales avec des patients, des proches ou du personnel médical. Nous développons une approche globale pour comprendre le point de vue des patients, afin de concevoir des études pertinentes pour les populations de patients concernées, et de mettre en place des interventions adaptées. L'équipe apportera son expertise à EVEREST à travers l'étude des facteurs clés représentant des goulots d'étranglement dans l'accès aux soins, en particulier dans les populations vulnérables, et dans le maintien dans le système de soins des patients atteints de maladies chroniques du foie.
Recherche en santé publique
L'unité RESHAPE (RESearch on HealthcAre PErformance) U1290 est une unité de recherche en santé publique placée sous la double tutelle de l'Université Claude Bernard Lyon 1 et de l'INSERM, en partenariat avec les Hôpitaux Universitaires de Lyon (Hospices Civils de Lyon et Centre Léon Bérard). Les recherches de l'équipe portent sur la performance des services et des professionnels de santé. Ces travaux intègrent des études observationnelles en vie réelle de la santé de la population et des services de santé à partir de grands entrepôts de données locaux (EDS HCL) et nationaux (PMSI-SNDS). L'équipe contribuera ainsi à l'Institut en étudiant l'impact de l'innovation EVEREST sur la santé de la population et les résultats des soins.
Service d'évaluation économique en santé
Le Service d'évaluation économique en santé (SEES) met à disposition de l'ensemble de la communauté des HCL et de son territoire, les compétences et l'expertise nécessaires à la mise en œuvre de projets de recherche dans le domaine de l'évaluation médico-économique et des parcours de soins. Les évaluations économiques sont principalement des études de coût/coût-efficacité/coût-utilité et des analyses d'impact budgétaire, basées sur une collecte spécifique de données ou sur l'utilisation de bases de données médico-administratives (Health Data Hub). SEES contribuera à EVEREST par l'évaluation des innovations dans les maladies chroniques du foie avec : 1) analyse coût-utilité et coût-efficacité, ii) analyse d'impact budgétaire, iii) évaluation multidimensionnelle des parcours de soins ; iv) évaluation des technologies de la santé.
